Als ab 1794 Revolutionstruppen Köln besetzten, diente die Kirche als Speicher und verfiel zusehends; nach der Vertreibung der Franziskaner, deren kölnische Provinz von der napoleonischen Besatzungsmacht 1804 aufgehoben und erst 1929 wiedererrichtet wurde, nutzte sie die Armenverwaltung der Stadt Köln ab 1808 im Rahmen der Säkularisation als Anstalts- und Hospitalkirche.