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बातकेन (किरगिज़: Баткен, अंग्रेज़ी: Batken) मध्य एशिया के किर्गिज़स्तान देश में एक छोटा सा शहर है। यह किर्गिज़स्तान के दक्षिण में प्रसिद्ध फ़रग़ना वादी में स्थित है और किर्गिज़स्तान के बातकेन प्रांत की राजधानी है। इस शहर का नाम प्राचीन सोग़दाई भाषा से आया है और इसका अर्थ 'हवाओं का शहर' है। बातकेन के क्षेत्र में १९९० के शतक के बाद चरमपंथी इस्लामी उग्रवाद शुरू हुआ जिसका असर पड़ोसी उज़्बेकिस्तान और ताजिकिस्तान पर भी था। इस कारणवश किर्गिज़स्तान की सरकार ने सन् १९९९ में ओश प्रांत को विभाजित करके बातकेन शहर पर केन्द्रित एक नया प्रांत बनाया ताकि प्रांतीय सरकार यहाँ की व्यवस्था पर पूरा ध्यान दे।
