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클레이 수학연구소(영어: Clay Mathematics Institute, CMI)는 미국 매사추세츠주 케임브리지 지방에 있는 사설 비영리 재단이며, 수학을 널리 알리고 발전시키는 활동을 하고 있다. 여러 상을 제정해서 유망한 수학자들에게 수여하고 있다. 이 연구소는 1998년 제정 지원을 맡은 사업가 랜던 클레이(Landon T. Clay)와 하버드 대학교의 아서 재피에 의해서 설립되었다.