Brünsee (ehemals: Brünnsee) ist ein Dorf und Ortsteil der Stadt Harburg (Schwaben) im Landkreis Donau-Ries im Regierungsbezirk Schwaben in Bayern.
Die Gemarkung besteht aus dem Dorf Brünsee, bestehend aus Oberbrünsee und Unterbrünsee, und dem Weiler Marbach.